O curso possui três Linhas de Pesquisa: 1) Poluição ambiental; 2) Tecnologias para aproveitamento de resíduos e; 3) Sustentabilidade. Possui caráter marcadamente tecnológico, porém trazendo em sua proposta o diálogo entre as ciências da natureza, exatas e sociais, permitindo maior flexibilidade para as análises das questões referente à temática ambiente e sociedade. Diante desse contexto, as Linhas de Pesquisa são assim descritas:

1. Poluição Ambiental: trata do estudo da poluição ambiental, incluindo a caracterização de áreas contaminadas, a dinâmica de poluentes no ambiente e a aplicação de tecnologias para recuperação dessas áreas, aliados as suas consequências sócio-ambientais, seja no meio terrestre, aquático ou atmosférico. Atua, também, no gerenciamento de riscos ambientais associados ao desenvolvimento visando à mitigação e o controle das externalidades negativas advindas dessas atividades, nos meios industrial, agrícola e urbano, que venham a contribuir com a melhoria da qualidade ambiental.
2. Tecnologias para Aproveitamento de Resíduos: busca o estudo técnico e econômico para aproveitamento de resíduos gerados pelas atividades industrial, agrícola e urbana, tanto no meio terrestre quanto aquático, através de processos reversos, destinando-os para a produção de energia, bioplásticos, fertilizantes e corretivos, entre outros, atuando tanto na prevenção e mitigação da poluição como, também, na inovação tecnológica.
3. Sustentabilidade: dedica-se ao estudo e à reflexão de questões sobre a ciência, a técnica, a sociedade e a natureza, a partir de pensadores contemporâneos da economia, do direito, da filosofia, da ecologia e da sociologia que procuram delinear novos princípios capazes de propor uma nova atitude do homem diante da natureza, buscando os fundamentos para uma nova ética ambiental. No que diz respeito às alternativas inovadoras, preocupa-se com a produção de energias alternativas e com a promoção de sistemas produtivos ambientalmente sustentáveis por meio de estudos de análises setoriais, arranjos organizacionais e competitividade e viabilidade econômico-financeira.